Wikipedista:JerHana/Pískoviště
== AFLP == AFLP je genetickou analýzou vhodnou pro populační studie, či pro zjištění vztahů na úrovni blízce příbuzných taxonů. Využívá, stejně jako RFLP, restrikční endonukleázy. Z jimi naštípaných úseků je pak za pomoci tzv. selektivních primerů vybrána poměrná část, která je následně pomnožena a analyzována gelovou elektroforézou.
Princip metody
[editovat | editovat zdroj]Analyzovaná DNA je v prvním kroku naštípána pomocí 2 restrikčních endonukleáz, konkrétně se používá EcoRI a MseI. První enzym rozpoznává sekvenci o délce 6 nukleotidů (GAATTC), druhý 4 (TTAA). Tak vznikne velké množství úseků; aby byl vzor na výsledném elektroforetickém gelu dobře interpretovatelný, musí se jejich počet zredukovat. Toho je docíleno během tzv. preselektivní a následně selektivní amplifikace. K naštípané DNA jsou připojeny adaptory (pomocí T4 ligázy). Dále jsou přidány primery, které jsou sice komplementární k adaptorům, avšak o jeden nukleotid delší (přesahují do řetězce původního fragmentu). Celkové množství amplifikovaných fragmentů se tak, vzhledem k použití 2 různých primerů, sníží na jednu šestnáctinu. Obdobně se pak použijí ještě primery se třemi selektivními nukleotidy. Výsledné množství získaných fragmnetů je tak 1/256 z původního souboru.
Fragmenty jsou pak, obdobně jako při RFLP, separovány pomocí gelové elektroforézy. Polymorfismy jsou dány jednak různě dlouhými úseky mezi restrikčními místy (inzerce a delece), jednak mutacemi v restrikčních místech. Mají obvykle dominantní charakter (nelze rozlišit homozygoty a heterozygoty) a též není jistá jejich homologie (je známa pouze délka úseků, nikoliv přesná sekvence nukleotidů; dvě úplně jiné sekvence tak mohou poskytnout proužek ve stejném místě). Nicméně vzhledem k tomu, že je metoda AFLP dobře reprodukovatelná (v porovnání např. s RAPD, či ISSR), odráží variabilitu napříč celým genomem, aniž by vyžadovala jeho předchozí znalost, je značně oblíbená.
Využití
[editovat | editovat zdroj]Od 90. let, kdy byla metoda popsána, se používá při fylogenetických studiích blízce příbuzných taxonů. Aplikaci nalezla i při šlechtění rostlin (tzv. MAS, z agnl. Marker-assisted selection), či epidemiologické charakteristice.
https://www.nature.com/scitable/topicpage/dna-fingerprinting-using-amplified-fragment-length-polymorphisms-39051 http://eds.a.ebscohost.com/eds/pdfviewer/pdfviewer?vid=2&sid=ca7c2e1f-6884-4c15-b0cc-a773a2b7a9c0%40sessionmgr4009 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techaflp/ https://botany.natur.cuni.cz/dna/index.php?option=com_content&view=category&id=35&Itemid=55
Molekulární markery
[editovat | editovat zdroj]Obecně je molekulární marker (molekulární identifikační znak) cíleně, či náhodně vybraná informace o vzorku, nejčastěji biologického materiálu, která byla získána prostřednictvím analýzy jeho molekul. Příkladem molekulárního markeru může být náboj molekuly enzymu, pořadí nukleotidů v sekvenci DNA, či délka fragmentu DNA. Tyto znaky mohou být specifické na různých úrovních (pro konkrétní jedince, přes populace až po všechny organismy), mají proto všestranné využití zejm. v lékařství a přírodních vědách. Na příklad specifické oblasti DNA se používají k diagnostice autosomální recesivní genetické poruchy cystické fibrózy [1], další diagnostické testy (např. pro komplexní neurodegenerativní onemocnění, Alzheimerovu chorobu), využívají i analýzu proteinů[2]. Dalším z uplatněních molekulární markerů je zjištění příbuznosti (ať již pro forenzní, či vědecké účely).
Nejběžněji používané molekulární markery
[editovat | editovat zdroj]- Izoenzymy - tedy enzymy mající stejnou funkci, ale jinou strukturu, lze vzájemně odlišit prostřednictvím gelové elektroforézy.
- Genetické (DNA) markery Podrobnější informace naleznete na stránce Genetický marker.
- RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
- analýza fragmentů DNA (založené na PCR)
- RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
- AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism)
- ISSRs (Inter Simple Sequence Repeats)
- PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction – RFLP)
- mikrosatelity (Simple Sequence Repeats – SSRs)
- SCP (Single Strain Conformation Polymorphism)
- celogenomové markery
- SNP
- HybSeq
- RADseq
MOBOT - Angiosperm Phylogeny Website [4]
[5].
Documenting Domestication: New Genetic and Archaeological Paradigms [8]
Reference
[editovat | editovat zdroj]- Sandbox [online], poslední aktualizace 19. března 2015 16:24 [cit. 29. 7. 2017], Wikipedie. Dostupné z WWW: < https://cs.wikipedia.org/wiki/Sandbox;
Poznámky
[editovat | editovat zdroj]
Související články
[editovat | editovat zdroj]Reference
[editovat | editovat zdroj]- ↑ BRADLEY, Linda A.; JOHNSON, Dorene A.; CHAPARRO, Carlos A.; ROBERTSON, Nancy H.; FERRIE, Richard M. A Multiplex ARMS Test for 10 Cystic Fibrosis (CF) Mutations: Evaluation in a Prenatal CF Screening Program. Genetic Testing. January 1998, s. 337–341. DOI 10.1089/gte.1998.2.337.
- ↑ CHOE, Leila H.; DUTT, Michael J.; RELKIN, Norman; LEE, Kelvin H. Studies of potential cerebrospinal fluid molecular markers for Alzheimer's disease. Electrophoresis. July 23, 2002, s. 2247–2251. DOI 10.1002/1522-2683(200207)23:14<2247::aid-elps2247>3.0.co;2-m. PMID 12210229.
- ↑ BRIGGS, David; WALTERS, Stuart Max. Proměnlivost a evoluce rostlin. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2001. 531 s. ISBN 80-244-0186-X. Kapitola 6.
- ↑ a b STEVENS, Peter S. Angiosperm Phylogeny Website [online]. Missouri Botanical Garden, 2001, rev. 2017-04-08 [cit. 2017-08-22]. Dostupné online. (anglicky)
- ↑ AVISE, John C. Molecular Markers, Natural History and Evolution. 2. vyd. Sunderland, Massachusetts U.S.A.: Sinauer Associates, Inc., 2004. 684 s. ISBN 0-87893-041-8. Kapitola Molecular Techniques, s. 91-92. (anglicky)
- ↑ Plant Systematics: A Phylogenetic Approach JUDD, Walter S.; CAMPBELL, Christopher S.; KELLOG, Ellizabeth A.; STEVENS, Peter S.; DONOGHUE, Michael J. Plant Systematics: A Phylogenetic Approach. 2. vyd. Sunderland, Massachusetts U.S.A.: Sinauer Associates, Inc., 2015. 576 s. Dostupné online. ISBN 9780878934034. Kapitola 9, s. 313. (anglicky)
- ↑ BUCKINGHAM, Lela. Molecular Diagnostics: Fundamentals, Methods and Clinical Applications. Philadelphia: F.A. Davis, 2012. 558 s. ISBN 978-0-8036-2677-5.
- ↑ ZEDER, Melinda A. Documenting Domestication: New Genetic and Archaeological Paradigms. Berkeley, Calif: University of California Press, 2006. 361 s. Dostupné online. ISBN 9780520246386. (anglicky)
Externí odkazy
[editovat | editovat zdroj]http://www.plantsciences.ucdavis.edu/bit150/dn_lecture/neale_chapter4.pdf
https://botany.natur.cuni.cz/fer/markers/English/Markers01-Introduction.pdf Aplikace RAPD v molekulární genetice: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1365-294X.1992.tb00155.x/epdf