Jeho otcem byl moravský šlechtic Štěpán I. z Medlova. Jestliže o otci existuje poměrně dosti písemných materiálů, o Štěpánovi II. jsou informace skoupé. Spolu se svým bratrem Jimramem I. z Medlova se stal zakladatelem rodu, který se psal "z Pernštejna," "z Bystřice," "z Otaslavic," "z Auešperka," "z Kamene" potažmo "ze Zubštejna" a "z Jakubova".
Filip IV. († po 1348) • Atluš II. († 1355) • Vojtěch III. († po 1348) • Oneš († po 1353) • Jindřich († po 1365) • Vojtěch († po 1374) • Jimram VI. († po 1390) • Vaněk († po 1385) • Štěpán IV. († po 1368) • Jimram V. († po 1383) • Bolka († po 1386) • Ofka († po 1356) • Filip II. z Jakubova a Pernštejna (zmíněn 1345–1374) • Žibřid († po 1369) • Klára († po 1378) • Kačna († po 1360) • Anežka († po 1378)
9. generace
Štěpán VIII. († po 1385) • Filip II. († po 1392) • Jimram mladší († po 1391) • Vznata († asi 1378) • Žibřid II. († asi 1406) • Klára († po 1384) • Machna († po 1406) • Štěpán VII. († po 1371) • Bohuslav II. (zmíněn 1360–1386) • Blanka († po 1371) • Heralt • Markéta (zmíněna 1371–1392) • Smil († po 1390) • Vilém I. (asi 1360–1422/1426)
10. generace
Atlus († asi 1398) • Jan Žibřid II. (zmíněn 1415–1452) • Štěpán (asi 1380–1412/1415) • Bavor (asi 1395–1427/1434) • Magdalena († po 1406) • Kateřina • Jan II. (asi 1406–1475) • Anna (asi 1408 – po 1447)
11. generace
Jan († po 1447) • Kateřina (asi 1437–1449) • Zikmund (asi 1437–1473) • Vilém II. (1438–1521) • Jan III. (asi 1460–1478/1480) • Vratislav I. (asi 1463–1496) • Jimram (asi 1465–1481/1482)
12. generace
Bohunka (před 1463 – po 1478) • Kunka (asi 1464 – po 1481) • Dorota (asi 1470 – před 1488) • Markéta "Machna" (asi 1472–1515/1520) • Bohunka (1485–1549) • Jan IV. "Bohatý" (1487–1548) • Vojtěch (1490–1534)
13. generace
Ludvík (po 1508–1526) • Markéta (1514 – před 1529) • Johana (1516 – po 1532) • Kateřina (1518–1552) • Bohunka (asi 1519 – po 1534) • Anna (asi 1521 – po 1540) • Marie (1524–1566) • Veronika (po 1525–1529) • Jaroslav (1528–1560) • Vratislav II. "Nádherný" (1530–1582) • Vojtěch II. (1532–1561) • Kateřina (1534–1571)
14. generace
Johana (1556–1631) • Hedvika (1557 – po 1564) • Alžběta "Eliška" Isabela (1557–1610) • Hedvika (1559 † mláda) • Hyppolita (1560–1564) • Jan V. (1561–1597) • Anna Marie (1562 – před 1564) • Anna (1563 – před 1564) • Františka (asi 1565–1630/1635) • Polyxena (1566–1642) • Vilém (asi 1567 – před 1572) • Václav (asi 1569 – mlád po 1572) • Elvíra (asi 1571 – po 1628) • Beatrix (asi 1572 † mlád) • Vratislav (asi 1573 † mlád) • Vojtěch (asi 1574 † mlád) • Luisa (před 1575 † mlád) • Maxmilián (1575–1593) • Eleonora (asi 1576 † mláda) • Bibiana (asi 1578/1584–1616) • František (po 1579 † mlád)
